1954년, 고지라는 옥시전 디스트로이어로 산화되었다. 그러나 계속되는 핵실험으로 어느날 도시에 나타난 쇼키리스라는 바닷니가 나타나는데 쇼키리스가 갑자기 출몰하던 건 고지라가 나타났기 때문이다. 하지만 일본 정부는 고지라의 부활은 아직 인정할 수 없다며 진실을 은폐하는 행위를 하지만 얼마 뒤 고지라가 도로를 부수며 부활하며 결국 일본 정부는 고지라의 부활을 공식적으로 인정한다. 30년만에 돌아온 파괴신 고지라는 건물을 부수고 다리를 부수는 등 각종 악행을 저지른다, 결국 정부는 고지라에 대비해 제작한 신무기, 슈퍼 X를 출동시켜 고지라의 활동을 어느 정도 정지시키고, 방위군은 고지라를 화산으로 유도하여 화산을 폭발시키려는 작전을 세운다. 그러나 러시아는 고지라를 죽이기 위해 도쿄 본토에 핵폭탄을 떨어뜨리려 한다. 결국 러시아의 무모한 작전으로 고지라는 다시 회복되고 원자력 발전소를 부수어 에너지를 충전시킨다. 방위군은 다시 슈퍼 X를 출동시켜 고지라를 멈추려 하지만 고지라의 열선으로 정리된다. 이후 방위군은 고지라를 화산으로 유도시켜 화산을 폭발시켜 고지라를 화산에 묻어버린다.
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